有机肥原料一般来自畜牧业和农业固体废物。有许多原材料适合生产有机肥料。要选择合适的原材料，首先要了解各种原材料的基本性质，特别是一些适合工业化和商业化生产的特点。例如，原材料的来源是否广泛、稳定，原材料的营养指标是否满足生产有机肥的要求，原材料是否能快速成熟等。
按使用量划分，原料可分为主料和辅料两种类型。
主要原料是生产有机肥的主要原料。通常，这些原料占材料的60%和80%。主要原料由一种或多种原料组成，包括畜禽粪便、沼渣等。
辅助材料主要由一种或多种原料组成，用于调节材料的水分、C/N、pH和通透性。通常，这些原材料占整个材料的比例不超过40%，单一材料的比例不超过20%。常见的有作物秸秆、蘑菇渣、粉煤灰、生石灰、凹凸棒粉、过磷酸钙或磷矿粉。
原料可分为碳原料、氮原料、调理剂原料等类型。
碳原料是指有机碳含量高的原料，如作物秸秆、粉煤灰等。这种原料可作为有机肥的主要辅料，用于调节水、C/N和增强物质的透气性。
氮原料通常是指C/N值低于30的原料，是有机肥的主要原料，如畜禽粪便、沼渣等。一些工厂还使用尿素作为高氮原料来调节C/N，但这不是主要原料。
调理剂原料主要是指在堆肥中添加用于调节原料混合物性质的材料，如pH、水、C/N等。例如，在堆肥中添加少量石灰和植物灰，中和有机物腐烂产生的有机酸，以调节酸度；添加一些吸附性强的物质，如破碎的粘土、木炭和锯末，以吸收腐烂过程中释放的氨，以保护营养，提高有机肥的质量。添加锯末、秸秆粉等调理剂，平衡堆肥原料的含水量，增加材料中的有机质量，防止材料中含水量过高。
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